Theo đó, phân khu đô thị S5 phía Bắc giáp sông Tô Lịch, kênh bao thoát nước Yên Sở và phân khu đô thị GS; phía Nam là đường vành đai 4; phía Đông là đường Pháp Vân – Cầu Giẽ, đường nhánh lên cầu Thanh Trì; phía Tây giáp ruộng canh tác của các xã Tả Thanh Oai, Đại Áng, Vĩnh Quỳnh, huyện Thanh Trì; xã Khánh Hà, huyện Thường Tín và phân khu GS.
Tổng diện tích của khu đô thị này dự kiến khoảng gần 3.200ha. Quy mô dân số đến năm 2030 khoảng 206.000 người. Tối đa đến năm 2050 khoảng 246.728 người. Trong số đó, dân số đô thị khoảng 186.048 người. Số còn lại là làng xóm đô thị hóa.
Khu đô thị S5 sẽ được chia thành 4 khu quy hoạch tương đương một khu dân cư đô thị. Tại đây, sẽ hình thành mới hệ thống trung tâm đô thị khu vực gắn kết với nhau và với đô thị trung tâm qua hệ thống giao thông: công cộng đường bộ, đường sắt nội đô và các hệ thống hạ tầng kỹ thuật khác.
Các khu ở được thiết kế hoàn chỉnh gắn kết với nhau trong các ô quy hoạch bằng không gian đệm và gắn với vùng cảnh quan không gian cây xanh thể dục thể thao, công viên, mặt nước, không gian văn hóa, giải trí v.v… tạo thành tổng thể liên hoàn.
Phát triển các khu chức năng đô thị hỗn hợp dọc hành lang quốc lộ 1A, đường Phan Trọng Tuệ với hình thức phát triển nhà ở tập trung, các dịch vụ công cộng khu đô thị, dịch vụ công cộng cấp thành phố: trung tâm y tế khu vực (rộng từ 10 đến 20 ha), trung tâm thương mại, siêu thị, chợ… bảo tồn các công trình di tích lịch sử văn hóa, làng nghề truyền thống,… môi trường văn hóa sinh thái, cây xanh mặt nước.
Tại các điểm giao cắt giữa các Vành đai 3,5 và quốc lộ 1A với đường Phan Trọng Tuệ, bố trí các trung tâm đa chức năng cao tầng với hình thức kiến trúc hiện đại. Thiết lập cửa ngõ phía Nam thành phố trên đường vành đai 4 và quốc lộ 1A.
Tổ chức hệ thống giao thông cảnh quan dọc hai bên bờ sông Tô Lịch; Chuyển đổi nghĩa trang Văn Điển thành công viên nghĩa trang. Bảo tồn và tăng cường các khu mặt nước, kênh mương hiện có và hồ điều hòa đảm bảo yêu cầu thoát nước và cải tạo cảnh quan. Tổ chức không gian mở, công viên cây xanh hồ điều hòa cấp đô thị tại khu vực xã Tả Thanh Oai, xã Vĩnh Quỳnh.
Khu vực trọng tâm sẽ là thị trấn Văn Điển, trục không gian phía Đông và phía Tây ga Ngọc Hồi, các khu vực nút giao thông giữa các tuyến đường cao tốc, đường chính đô thị, đường liên khu vực.
Các tuyến đường quan trọng là Vành đai 4, cao tốc Pháp Vân – Cầu Giẽ, đường 1A, đường vành đai 3,5, đường Phan Trọng Tuệ.
Giao thông đối ngoại của khu đô thị này sẽ bao gồm tuyến đường sắt Bắc Nam được cải tạo thành tuyến quốc gia kết hợp đường sắt đô thị (tuyến số 1), là đường sắt đôi, khổ đường 1,435m.
Tuyến đường sắt vành đai mới được bố trí trong hành lang đường vành đai 4 với phần dành cho đường sắt rộng khoảng 16m, đường đôi, khổ đường 1,435m.
Theo Quyết định, trong phân khu đô thị S5 còn dự trữ hành lang cho tuyến đường sắt cao tốc Bắc – Nam vào ga Ngọc Hồi.
Về đường bộ, đường vành đai 4 sẽ là tuyến đường vành đai cao tốc đối ngoại đô thị, có mặt cắt ngang rộng 120m gồm 8 làn xe cao tốc ở giữa, tổ chức đường gom với 3 làn xe mỗi 2 bên. Bến xe khách liên tỉnh được bố trí ở phía Đông Anh quốc lộ 1A cũ (đường Ngọc Hồi) với quy mô diện tích khoảng 7ha.
Khi tuyến đương vành đai 4 chưa khép tuyến, tuyến đường Pháp Vân – Cầu Giẽ (đoạn phía trong đường vành đai 4) sẽ có vai trò là tuyến giao thông cao tốc quốc gia với 6 làn xe.
Trong khu đô thị, sẽ có tuyến đường sắt số 1 Yên Viên – Ngọc Hồi kết hợp chạy tàu với đường sắt quốc gia. Tuyến đi nổi trên nền đất và cầu cạn, đường đôi, khổ đường 1,435m. Trong phạm vi lập quy hoạch, ngoài ga Ngọc Hồi, dự kiến có 2 ga đường sắt đô thị là ga Văn Điển và ga Vĩnh Quỳnh.